土壤和湖海沉積物中都含有棕黑色或黑色的腐殖酸,它們對 PCR 等后續(xù)反應有極大的抑制作用,所以有效去除土壤中腐殖酸是提取土壤微生物 DNA 的重要環(huán)節(jié),但是目前市場上沒有專門的產(chǎn) 品,針對這一情況,上海生工這個產(chǎn)品,專門用于對提取 DNA 用的土壤進行預處理,以清除腐殖酸成分。
1. 清除效果好,一次能使腐殖酸的濃度降低 50%左右。
2. 適合于黃色、紅色、黑色和棕黑色等各種質(zhì)地的土壤和河海沉積物。
3. 操作過程簡單快速,一次處理只需要 10 分鐘。
4. 擴容性好,可小規(guī)模操作, 也可以大規(guī)模操作。
疑難解答
如何判斷提取的 DNA 沒有腐殖酸污染?
方法一是目測法,即看得到的溶液是否無色。如果呈淡棕黑色或淡黃色,說明可能是少量殘留的未除盡的腐殖酸。
方法二是檢測最大光吸收。
注意:有腐殖酸污染并不表示 DNA 不能使用,有的腐殖酸并不抑制 PCR 擴增。
腐殖酸的最大吸收波長是多少?
腐殖酸(humic acid)是一大類呈棕黑色或黑色的物質(zhì),其結(jié)構(gòu)千差萬別,土壤中腐殖酸的組成和特點隨土壤不同而不同, 所以其最大吸收波長也各不相同。有的土壤的腐殖酸的最大吸收波長在 260 nm(見 Appl. Environ. Microbiol., 63:4993, 1997),有的則在 340 nm ,所以用特定的波長測定 OD 值時波長的選定要根據(jù)土壤而決定。Sigma, Fluka 等公司出售 的腐殖酸產(chǎn)品成分一般比較簡單,其最大吸收波長不能推廣到成分更為復雜的土壤腐殖酸樣品。
是否腐殖酸都會抑制后續(xù)的 DNA 反應?
否,因為腐殖酸是一大類物質(zhì)的統(tǒng)稱,他們的結(jié)構(gòu)和特性各不相同,所以是否對后續(xù)反應有影響最好通過實驗來驗證。如果用提取的 DNA 溶液原液進行反應而反應沒發(fā)生,而對照樣品 (已知的不含污染的 DNA)能夠發(fā)生,說明可能有抑制作用。